fastcgi_paramでPHP_VALUEを指定

auto_prepend_file → メインファイルの実行前に自動で付加されるPHPを指定可能
auto_append_file → メインファイルの実行後に自動で付加されるPHPを指定可能

http://php.net/manual/ja/ini.core.php#ini.auto-prepend-file

NGINXのconf

location ~ \.php$ {
    root           /var/www/html;
    #fastcgi_pass   127.0.0.1:9000;
    fastcgi_pass unix:/var/run/php-fpm.sock;
    fastcgi_index  index.php;
    fastcgi_param  SCRIPT_FILENAME  $document_root$fastcgi_script_name;
    fastcgi_param  PHP_VALUE "auto_prepend_file=/var/www/homepage/prepend.php \n auto_append_file=/var/www/homepage/append.php";

    include        fastcgi_params;
}

PHP_VALUEで指定可能なディレクティブであれば、NGINXのconfで設定を変更可能ということになります。