検索順位のチェックでペナルティを設定されることがあるのか？

自分のサイトのランキングチェックはサイト管理者であれば行っていることと思います。

しかし、以下のGoogleのガイドラインを読む限り、

https://support.google.com/webmasters/answer/66357?hl=ja

サイト管理者がターゲティングしているキーワードで自分のサイトの検索順位チェックをするのは控えたほうがよいのかもしれません。というより個人的には

クエリ送信によるランキングチェックはやめたほうがよい

と考えています。良からぬペナルティの原因となっている可能性があるからです。

どのような種類かに関わらず自動化されたクエリを Google から事前に明示的な許可を得ずに Google のシステムに送信することは禁止されています。

ガイドラインには

どのような種類かに関わらず

と書いてあります。これはサイト管理者の手動によるランキングチェックのための検索を含めているかもしれないからです。

ではランキングチェックはどうやれば良いのか？

Googleウェブマスターツールの

検索トラフィック → 検索クエリ

を活用して順位チェックを行うのがおすすめです。